ヤマハが選択したのはBANDITでもCB-1でもなく空冷ゼファーとは対極の硬派なネイキッドスポーツ！
1980年代後半にレプリカブームが衰退、過剰な高機能と高価格に辟易としていた状況に、カワサキが1989年に投入した空冷2バルブのゼファーによって、ネイキッドブームが到来、各社から対抗モデルが続々リリースされた。
ただ各社の捉え方は様々で、スズキのBANDITはカウルのない魅力としてパイプのフレームワークに美しいデザイン性を込め、ホンダはCB-1でそれまで培ってきた4気筒テクノロジーを駆使してネイキッドでも斬新さをアピール。
しかし一強はゼファー。同じく対抗機種を検討していたヤマハは、リッターネイキッドでも空冷4気筒を計画していたこともあり、水冷ではないライダーの趣味性に訴える空冷4気筒、それでいてパフォーマンスはスーパースポーツを感じさせる刺激的なバイクを目指すこととなった。
400ccの空冷4気筒といえば、当時のヤマハはDiversion（XV400S）が最新。
しかし先鋭的な前傾35°の2バルブでは、狙ったトラディショナルさと高性能な要素を反映できない。
そこで前の世代XJ400を水冷化したXJ400Zをベースに、あらためて空冷化すると決め、開発がスタートしたのだった。
ただ水冷XJ400Zベースといっても、生産設備を共有化するためクランクからミッションの各軸間を同じにする（クランクケースへの切削工程）くらいで全面的に新設計。
開発エンジニアのこだわりとしての特徴が外観にもあって、空冷として見せる（魅せる）エンジンの視点から、エンジンのいちばん上にある2本のDOHCカムシャフトを昔ながらに距離の開いた位置に設定したのだ。
実際にバルブ挟み角も敢えて64°と大きくとった結果、中速寄りにバルブ径を拡大したペントルーフ（角度の急な屋根のような旧来のカタチ）燃焼室としてのキャラクターを得ることに成功している。
シリンダーの搭載角度を前傾14°に設定したボア×ストロークが55×42mmの399ccは、新しい馬力規制値上限の53ps/11,000rpmと3.5kgm/9,500rpmというスペック。
FJ1200並みの放熱量の大容量オイルクーラーと、クランクジャーナルからピストン裏側へオイルをジェット噴射するピストンクーラーと、空冷ハイパーに対し冷却には万全を期した。
排気は4-2-1集合（エキゾーストパイプ部分で2番と3番を連結）で、サイレンサー直前にチャンバーを設けて中速域を稼ぎ、マフラーもメガホン形状の内部を反転式として低周波の力量感に注力、ビートの効いたエキゾーストノートを聴かせる。
エンジン特性は高回転時には腕に覚えのあるライダーには相応の刺激を楽しめて、中速域以下では開けて曲がれるワインディングのポテンシャルを高めるという、2面性ともいえるライダーが積極的に操りたくなる特性としていた。
フレームは高張力鋼管による完全なダブルクレードルで、エンジンマウントは3箇所ともリジットで剛性感たっぷりの逞しいシャシー。
ただサスペション設定が、ヤマハとしてはやや硬めにしてあり、直感的に攻めるバイクが伝わるよう意識していた。
とはいえ、前輪がリーンでやや遅れる弱アンダーステアの、お得意ヤマハ・ハンドリングに徹した設定に変わりはない。
こうして、いかにもヤマハらしい安定性をベースに安心してコーナリングが楽しめるスポーツ性に、ヤマハファンは小躍りしていたが、レプリカに慣れたテスターが多いバイク雑誌からは、狙いが不明確な印象に捉えられていた。
しかも広告展開が、コンセプトを語るでもなく、半ばカルチャーに埋もれたような表現ばかりで伝わりにくかったこともある。
しかし実際には走りの良さに加え、リカバリーの安定した頼れるハンドリングが好評で、他のメーカーともスタンスの異なる硬派な400ネイキッドとしての存在感を放ち、販売は好調に推移していた。
そんな状況を優位に展開しようと、ヤマハはXJR400にサスペンションをグレードアップしたＳモデルや、ブレーキにブレンボ製を奢ったRモデルを加えた。
ミニカウルをマウントしたRIIもリリースされたが、他のライバルと同じようにこの手法はライダーには刺さらなかった。
カラーリングはそれまでの渋いブラックと明るいメタリックやキャンディートーンから、パールホワイト系にシルバーも展開、エンジンをブラックアウトにペイントしてカジュアルさとトラディショナルな新しさのアピールを試みていた。
そして1998年、XJR400はベースモデルもXJR400Rと"R"を車名に表記するモデルチェンジをうけた。
大容量化した燃料タンクなど、XJR1300の新デザインと統一感を感じるフォルムとなり、その後にヤマハのレーシングイメージでもあるブルー系にイエロー系もラインナップされ、燃料タンクのエンブレムに音叉マークを復活させるなど、トラディショナルさも加味したいかにもヤマハ・ファン向けな仕様へと変遷を遂げている。
しかし2007年モデルを最後に、空冷400ネイキッドは終焉を告げた。
最大の理由は国内向け400ccクラスの販売台数の落ち込み。
コスト的に新規の開発が見込めないマーケットとなったのが一番の原因だった。
