大人気FZ400Rのカウルに勢いが過多と感じる層を意識！
1984年、ヤマハはXJ400を水冷化したXJ400ZSに注目が集まらないのに業を煮やし、思い切ってF3レース出場していたワークスマシンに倣ってカウルを装着したFZ400Rをリリース、敢えてハーフカウルでカジュアルさを前面に出したことで大ヒット。
しかし人気沸騰しても、そもそもカウルつきマシンに乗るのはちょっと……という層の存在を当のヤマハが意識、カウルを取り外すことでハンドリングの良さで定評のFZ400Rと同じ乗り味を楽しんでもらおうと企画、１年後の1985年3月にネイキッドを表すNを車名にしたFZ400Zを発売した。
レプリカブームを牽引していたFZ400Rは、カラーリングもF3ワークスマシンと同じイメージで、バリエーションもなく１種類のみ発売していた。
対してFZ400Nは、グラフィックもカジュアルでレーシングマシンをそこまで感じさせないシンプルなグラフィックと赤にブルーの鮮やかなベースカラーを纏った。
エンジンは54mm×43.6mmの399ccで、59PS/12,000rpmと3.7kgm/10,000rpmのFZ400Rそのまま。
4連の吸気通路をバイパスさせ高出力と省燃費を両立したY.I.C.S（ヤマハ・インダクション・コントロール・システム）た、反転式の消音構造でレーシーなサウンドを演出する４into１集合マフラーも踏襲している。
角断面のスチールパイプによるダブルクレードルに、リンクを介したバネレートが2次曲線的にプログレッシブ・レートとなるリヤのモノサス、フロントフォークの圧縮するに従い減衰が高まるバリアブルダンパーの装備も変更ない。
ただライディングポジションはハンドル位置を20mm高く設定、前傾度合いを少なくして街中などで扱いやすさを意識している。
またスクエアな形状としたヘッドライトや、メーターパネルをネイキッドでもフロントフォークに装着せず、フレームマウントとしてステアリングに慣性モーメントを増やさない、街角の小さなターンも軽々にこなすハンドリングにまとめていた。
FZ400Rは1年経ってもトップセラーが続く大人気をキープしていたが、このネイキッド版FZ400Nにはあまり関心を示さない状況が続いた。
しかもレプリカとしてさらにピュアなアルミフレームのFZR400Rがデビューしても、スチール角断面のFZ400R人気が上回り、モデルチェンジによる交替とならずフルカウルバージョンも加わるライイナップ拡充にまで人気の衰えを感じさせなかった。
この独り勝ち状態もあって、ネイキッド版FZ400Nはマイナーチェンジをうけることなく短命に終わってしまったが、カジュアルなルックスを含め後々中古車市場では人気の希少車となっていた。
